Trải qua 40 năm xây dựng, trưởng thành, nhiệm vụ giáo dục-đào tạo (GD-ĐT) của Nhà trường luôn được phát triển, từ bổ túc, đào tạo cán bộ theo chương trình ngắn hạn, đến nay đang đào tạo sĩ quan dài hạn, bậc cao đẳng, đại học với đủ ba chuyên ngành (đặc công bộ, đặc công nước và đặc công biệt động); đồng thời tiếp tục đào tạo ngắn hạn cho các đối tượng cán bộ từ phân đội đến cấp trung đoàn, chuyển loại cán bộ chính trị đặc công; đào tạo trung cấp võ, mũi trưởng, mũi phó đặc công… và hạ sĩ quan, nhân viên chuyên môn kỹ thuật đặc công. Ngoài ra, Nhà trường còn thực hiện nhiệm vụ hợp tác quốc tế giúp một số nước bạn về đào tạo sĩ quan phân đội và giáo viên đặc công. Cùng với nhiệm vụ GD-ĐT, Nhà trường luôn thực hiện tốt nhiệm vụ sẵn sàng chiến đấu. Bốn mươi năm qua, dù trong bất cứ hoàn cảnh nào, các thế hệ cán bộ, giáo viên, học viên, công nhân viên, hạ sĩ quan, chiến sĩ của Nhà trường cũng luôn phát huy tinh thần tự lực, tự cường, năng động, sáng tạo, vượt mọi khó khăn, gian khổ, phấn đấu hoàn thành tốt mọi nhiệm vụ. Nhà trường đã đào tạo, bổ túc hàng vạn cán bộ quân sự, chính trị đặc công, bổ sung cho các đơn vị đặc công trong toàn quân, kịp thời đáp ứng yêu cầu chiến đấu trên các chiến trường, góp phần quan trọng vào sự nghiệp giải phóng dân tộc trước đây, cũng như trong bảo vệ Tổ quốc hiện nay. Với những thành tích trong công tác GD-ĐT, xây dựng, chiến đấu và làm nhiệm vụ quốc tế, Trường đã được Nhà nước tặng thưởng Huân chương Quân công hạng Nhì, 2 Huân chương Quân công hạng Ba, 2 Huân chương Chiến công hạng Nhất; Nhà nước Cộng hòa Cu-ba tặng Huân chương ANTONIO MCEO; Nhà nước Cộng hòa Dân chủ nhân dân Lào tặng 2 Huân chương ít-xa-la; Nhà nước Căm-pu-chia tặng Huân chương Ăng co; và nhiều phần thưởng cao quý khác. Để tiếp tục phấn đấu xây dựng Nhà trường trở thành trung tâm đào tạo, bổ túc cán bộ đặc công; trung tâm nghiên cứu khoa học đặc công của Binh chủng Đặc công và của quân đội, Nhà trường luôn quán triệt sâu sắc và thực hiện nghiêm túc các Nghị quyết, chỉ thị của Đảng uỷ Quân sự Trung ương và Bộ Quốc phòng, gần đây nhất là Nghị quyết 86-ĐUQSTƯ, ngày 29 tháng 3 năm 2007 Về công tác GD-ĐT trong tình hình mới; chấp hành sự lãnh đạo, chỉ đạo của Đảng uỷ, Bộ Tư lệnh Binh chủng Đặc công, tích cực đổi mới nội dung, chương trình đào tạo, cải tiến phương pháp dạy và học, nhằm tạo sự chuyển biến toàn diện trong công tác này, bảo đảm vừa đạt chuẩn mặt bằng kiến thức bậc đại học theo ngành và nhóm ngành tương ứng trong danh mục đào tạo bậc đại học của Nhà nước, vừa bảo đảm mục tiêu đào tạo theo chức vụ và yêu cầu thống nhất về kiến thức quân sự đối với sĩ quan cấp phân đội đặc công; rèn luyện, nâng cao bản lĩnh chính trị, trình độ chuyên môn đáp ứng yêu cầu nhiệm vụ và năng lực thực hành chức trách ban đầu. Nhà trường thực hiện nhiều biện pháp thiết thực, như tổ chức hội thảo khoa học về xây dựng quy trình, chương trình, nội dung, đổi mới phương pháp dạy và học; tổ chức tọa đàm, trao đổi ở các khoa giáo viên, các hệ quản lý học viên; lấy ý kiến đóng góp của học viên, qua đó phát huy tinh thần sáng tạo, ý thức trách nhiệm của mọi cán bộ, giáo viên, học viên để tìm ra phương pháp dạy tốt, học tốt. Đẩy mạnh công tác nghiên cứu khoa học, biên soạn tổng kết các trận đánh hay của bộ đội Đặc công trong kháng chiến chống Pháp, chống Mỹ, kết hợp với nghiên cứu những phát triển mới về phương tiện, thủ đoạn tác chiến, vũ khí, trang bị... trong các cuộc chiến tranh xảy ra gần đây trên thế giới, để xây dựng hệ thống giáo trình, giáo án huấn luyện phù hợp với đặc thù và yêu cầu nhiệm vụ chiến đấu của bộ đội Đặc công. Nhà trường cũng phối hợp với các trường ở trong và ngoài quân đội nghiên cứu, trao đổi kinh nghiệm trong xây dựng nội dung, chương trình, kế hoạch, phương pháp giảng dạy, quản lý và điều hành huấn luyện. Tổ chức các đoàn cán bộ xuống đơn vị cơ sở trong binh chủng để khảo sát, nắm tình hình kết quả đào tạo của Nhà trường, tiếp thu những ý kiến đóng góp của cơ sở để nghiên cứu, điều chỉnh chương trình, nội dung, cải tiến phương pháp dạy và học cho phù hợp. Thời gian qua, Nhà trường đã tăng thời gian cho nội dung "Phương pháp huấn luyện các chuyên ngành đặc công” và bổ sung thêm một số nội dung về tác chiến biển đảo, chống “diễn biến hòa bình”, bạo loạn lật đổ, chống khủng bố...