Bước sang thời kỳ mới, thực hiện đường lối đổi mới đất nước, quán triệt tư duy mới về nhiệm vụ quân sự, quốc phòng của Đảng, Nhà trường đã đẩy mạnh đổi mới toàn diện công tác giáo dục, đào tạo (GD,ĐT); trọng tâm là đổi mới chương trình, nội dung và phương pháp giáo dục. Mặc dù lưu lượng học viên lớn, nhiều đối tượng, cấp học, bậc học và loại hình đào tạo khác nhau, cơ sở vật chất còn thiếu thốn, nhưng Nhà trường đã phát huy sức mạnh tổng hợp, khắc phục khó khăn, xây dựng Nhà trường vững mạnh toàn diện theo hướng “Cách mạng, chính quy, tinh nhuệ, từng bước hiện đại”. Nhờ đó, hằng năm, bình quân tỷ lệ học viên tốt nghiệp ra trường đạt 99,2%, trong đó có 78% khá, giỏi; đáp ứng được yêu cầu, nhiệm vụ theo cương vị, chức trách được giao. Thực hiện Chỉ thị 882/CT-TL của Tư lệnh Quân khu, từ năm 2000, Nhà trường đã triển khai nhiệm vụ bồi dưỡng kiến thức quốc phòng-an ninh cho cán bộ lãnh đạo chủ chốt cấp huyện, quận, thị xã, sở, ban, ngành của tỉnh...(đối tượng 2). Đây là nhiệm vụ mới, nhưng với cách làm phù hợp, Nhà trường đã tổ chức tốt 20 khóa cho gần 1000 cán bộ; kết quả kiểm tra các khóa đều có 100% đạt khá, giỏi, trong đó có 25% trở lên giỏi. Thực hiện chủ trương của Quân khu, kết hợp tổ chức bồi dưỡng kiến thức quốc phòng-an ninh cho đối tượng 2 tại Trường Quân sự Quân khu với tổ chức tại các tỉnh, Nhà trường đã cử nhiều giáo viên đến giúp đỡ địa phương giảng dạy, góp phần nâng cao chất lượng giáo dục. Với những thành tích đã đạt được, Nhà trường đã được Đảng, Nhà nước trao tặng nhiều phần thưởng cao quý. Trong những năm gần đây, Trường đã 3 lần được Bộ Quốc phòng tặng cờ luân lưu, 5 lần được Bộ Tư lệnh Quân khu 4 tặng cờ đơn vị xuất sắc trong các phong trào thi đua.