Những năm gần đây, hòa chung với tiến trình đổi mới của đất nước, Tổng công ty HKVN đã có những bước phát triển vượt bậc trong xây dựng cơ sở hạ tầng, hiện đại hóa trang thiết bị-kỹ thuật, đổi mới đội máy bay... và đào tạo được hàng nghìn cán bộ quản lý, cán bộ kỹ thuật, phi công có bản lĩnh chính trị vững vàng, trình độ nghiệp vụ, đáp ứng tiêu chuẩn quốc tế; đồng thời, phát triển nhiều loại hình kinh doanh, du lịch, dịch vụ hàng không có hiệu quả, đem lại nguồn thu lớn cho đất nước, góp phần quan trọng vào sự nghiệp xây dựng và bảo vệ Tổ quốc. Thực hiện kế hoạch 5 năm (2001-2005), Tổng công ty đã vận chuyển được 22.187.876 lượt hành khách, tăng bình quân 15,4%/năm, vượt 1,3%; vận chuyển 389.000 tấn hàng hóa, tăng bình quân 16%/năm, vượt 15,5%. Tổng công ty bắt đầu nâng tầm quốc tế của mình khi thị phần vận tải hành khách quốc tế tăng khá, đạt 41,6-43,3%, trong khi kế hoạch 5 năm là 39-42%. Doanh thu của Tổng công ty đạt 73.784 tỷ đồng, lợi nhuận trước thuế đạt 3.156 tỷ đồng, tốc độ tăng bình quân hằng năm là 8,6%, tổng nộp ngân sách Nhà nước 3.101 tỷ đồng. Năm 2006, các hoạt động trong lĩnh vực hàng không có những khó khăn không nhỏ: giá nguyên liệu tăng 18,6% làm tăng chi phí gần 900 tỷ đồng; thị trường thuê máy bay khó khăn, giá thuê tăng cao nên VNA không thể thuê được máy bay theo kế hoạch; các loại phí và giá dịch vụ tại các cảng hàng không cũng tăng. Bên cạnh đó là sự cạnh tranh ngày càng khốc liệt với nhiều hãng hàng không khác tham gia khai thác thị trường Việt Nam. Được sự quan tâm, hỗ trợ của Chính phủ, các bộ, ngành; đặc biệt là bằng nỗ lực của tập thể cán bộ, nhân viên, sự kiên định và triển khai nhiều giải pháp linh hoạt, hiệu quả của Tổng công ty, các chỉ tiêu cơ bản trong kế hoạch năm 2006 vẫn được thực hiện vượt mức. Tổng doanh thu đạt trên 17.400 tỷ đồng, vượt 5% so với kế hoạch, tăng 12,4% so với năm 2005. Lợi nhuận trước thuế đạt 304 tỷ đồng, nộp ngân sách Nhà nước 184 tỷ đồng, vượt 5,7% so với kế hoạch.