Sau 20 năm đổi mới, phương thức bảo đảm VCHC trong quân đội đã thay đổi căn bản, mang lại hiệu quả to lớn. Từ bảo đảm bằng hiện vật sang kết hợp giữa bảo đảm bằng tiền để khai thác tại chỗ với bảo đảm bằng hiện vật theo phân cấp, đã rút, giảm được tổ chức biên chế (con người, kho tàng, trang thiết bị); tiết kiệm ngân sách đầu tư xây dựng, bảo quản hệ thống kho tàng; giảm khối lượng lớn hàng hóa và chi phí xây dựng trong vận chuyển; giải quyết được tình trạng hàng tồn kho, hạn chế lãng phí, hư hỏng và tổn thất VCHC; phát huy khả năng hậu cần tại chỗ, vừa góp phần phát triển kinh tế-xã hội ở các địa phương trên địa bàn đóng quân, vừa là cơ sở để xây dựng thế trận, chuẩn bị tiềm lực hậu cần khu vực phòng thủ, cho phép giảm đáng kể lượng vật chất dự trữ cho SSCĐ của quân đội; phát huy tiềm năng, thế mạnh của các đơn vị (về lao động, cơ sở vật chất, trang bị...), khuyến khích đẩy mạnh tăng gia sản xuất (TGSX) tạo ra của cải; khơi dậy tính năng động, sáng tạo của hậu cần các cấp, dần xóa bỏ tư tưởng “lĩnh trên, cấp dưới”, ỷ lại, trông chờ vào hậu cần cấp trên; tạo điều kiện để các doanh nghiệp hậu cần sản xuất, kinh doanh năng động hơn, chủ động trong bảo đảm cho bộ đội; hệ thống tiêu chuẩn, chế độ, định mức kinh tế kỹ thuật hậu cần và ứng dụng khoa học-công nghệ vào công tác hậu cần được tăng cường... Tuy nhiên, việc đổi mới phương thức BĐHC có lúc, có mặt còn lúng túng, lúc phân cấp quá rộng, lúc lại tập trung về trên quá cao, hệ thống các biện pháp quản lý tiền- hiện vật có trường hợp chưa chặt chẽ, đồng bộ. Từ đó, bảo đảm VCHC còn bộc lộ những hạn chế là: việc phân cấp tạo nguồn VCHC ở các cấp thực hiện chưa triệt để; có ngành, có mặt hàng vẫn còn mang nặng cơ chế “kế hoạch hoá bao cấp”; chất lượng hàng hóa sản xuất, mua sắm tạo nguồn có thời điểm, có mặt hàng chưa đạt yêu cầu, thời gian chậm đã ảnh hưởng trực tiếp đến đời sống bộ đội; quản lý cơ sở vật chất, kinh phí hậu cần có đơn vị chưa chặt chẽ, còn để hư hỏng, thất thoát và sử dụng sai mục đích, cá biệt có trường hợp còn vi phạm nguyên tắc chế độ; phong trào TGSX phát triển chưa đồng đều, hiệu quả kinh tế chưa cao...