Nhìn lại thời gian qua, nhất là từ khi có Quyết định số 107/2003/QĐ-TTg của Thủ tướng Chính phủ về “Qui chế phối hợp giữa Bộ Công an và Bộ Quốc phòng thực hiện nhiệm vụ bảo vệ an ninh quốc gia, trật tự an toàn xã hội trong tình hình mới", thì sự phối hợp giữa Quân đội và Công an có bước chuyển biến mạnh mẽ đi vào chiều sâu, toàn diện hơn, vững chắc hơn. Hai Bộ đã phối hợp ban hành nhiều văn bản qui định, hướng dẫn về thực hiện công tác QP-AN; xây dựng, bổ sung hoàn thiện nhiều phương án, kế hoạch hoạt động, nhằm chủ động phòng ngừa, ngăn chặn âm mưu và hành động chống phá của các thế lực thù địch. Công tác trao đổi thông tin giữa các cơ quan, các cấp thuộc hai Bộ đã từng bước đi vào nền nếp; cùng với việc trao đổi định kỳ còn có các phương án trao đổi thông tin đột xuất theo yêu cầu, nhiệm vụ. Bộ Tư lệnh Biên phòng, cơ quan Điều tra Hình sự (Bộ Quốc phòng) và Tổng cục Cảnh sát thường xuyên trao đổi, cung cấp thông tin về những vấn đề liên quan, góp phần đập tan nhiều âm mưu, hành động chống phá chế độ của bọn phản động; vô hiệu hóa nhiều hoạt động của bọn phản động đội lốt tôn giáo chống phá gây mất ổn định an ninh chính trị, triệt phá nhiều băng nhóm tội phạm nguy hiểm.