Cùng với đào tạo, Học viện rất quan tâm công tác NCKH,CN, coi đó là giải pháp quan trọng để nâng cao chất lượng GD- ĐT. Học viện đã có nhiều giải pháp phát huy thế mạnh của cơ sở đào tạo đa ngành và khả năng sáng tạo của đội ngũ cán bộ khoa học, giảng viên, đông đảo học viên vào tham gia NCKH,CN. Hoạt động NCKH,CN của Học viện được triển khai theo 3 hướng: nghiên cứu phục vụ đào tạo, phục vụ sẵn sàng chiến đấu của quân đội, phục vụ sản xuất quốc phòng và kinh tế dân sinh. Học viện đã xây dựng thành công mô hình kết hợp: đào tạo- NCKH,CN- sản xuất, vừa thực hiện nhiệm vụ đào tạo, vừa  ứng dụng kết quả nghiên cứu phục vụ sản xuất, đời sống. Đi đôi với nghiên cứu, biên soạn hệ thống giáo trình, tài liệu giảng dạy, đổi mới trang thiết bị phục vụ đào tạo, Học viện đã tổ chức đi sâu NCKH,CN ở các lĩnh vực mũi nhọn mà nhà trường có ưu thế để phục vụ quốc phòng và kinh tế. Đội ngũ cán bộ khoa học của Học viện đã tham gia nghiên cứu nhiều đề tài, dự án thuộc các chương trình KH,CN trọng điểm của Nhà nước, Bộ Quốc phòng, đáp ứng được nhu cầu gắn thực tế của quân đội với phát triển kinh tế- xã hội; tham gia các đề tài khoa học trọng điểm phục vụ bảo đảm vũ khí, trang bị của quân đội. Số lượng đề tài, dự án cấp Nhà nước tăng 52,6%, sáng kiến cấp Bộ tăng 81,25%; tổng kinh phí các đề tài, dự án các cấp tăng gấp 3,23 lần so với nhiệm kỳ trước. Phần lớn các đề tài, dự án hoàn thành đúng tiến độ, có hiệu quả và được đưa vào thử  nghiệm, khai thác sử dụng.